Le sergent Keroro, venu de la 58e planète de la nébuleuse Gamma, chef de l'unité de manoeuvre des forces spéciales armées pour l'invasion de l'univers, s'est fait capturer sans difficulté par la famille Hinata chez qui il s'était infiltré pour préparer sa mission. Encouragé par la cordialité de Fuyuki, le fils aîné de la famille Hinata, il s'installe chez eux et s'occupe des tâches ménagères. Mais aujourd'hui encore, avec ses quatre subordonnés (quatre autres bestioles), il tente plus ou moins de mettre au point un plan d'invasion de Pokopen...La deuxième unité Keroro représentée par New Keroro est arrivée sur Pokopen. Et une nouvelle ennemie, la redoutable Viper Momi, n'a pas tardé à passer à l'attaque...!
